Julian Eberhardt był synem Jana Joachima, właściciela zakładu wyrobu przedmiotów żelaznych i Pauliny z domu Deubel. W 1883 r. ukończył warszawskie IV Rządowe Gimnazjum Filologiczne, a w 1887 r. studia na Wydziale Fizyczno-Matematycznym Uniwersytetu Warszawskiego. W 1890 r. uzyskał dyplom inżyniera w słynnym Instytucie Inżynierów Kolejnictwa w Petersburgu.